Polisi yang dari awal sudah mencurigai Scott akhirnya memutuskan untuk menyelediki petunjuk di tempat biasa Scott suka memancing. Dalam penelusuran tersebut, Scott juga ikut ke San Fransisco Bay. Di tempat penyelidikan, Scott hanya duduk diam dan tidak membantu polisi sama sekali. Dalam penyelidikan tersebut polisi tidak menemukan apapun dan akhirnya pun hanya jalan buntu yang ada.
Pada akhir Januari 2003, Scott tiba-tiba setuju untuk diwawancarai oleh media. Di interview, Scott berusaha untuk pura-pura menangis. Namun karena memang tidak merasa sedih dan pandai acting, akhirnya Scott pun hanya memasang wajah tanpa ekspresi seperti yang selama ini ia lakukan.
Pada akhir Maret 2003, polisi akhirnya memutuskan untuk menggeledah boat milik Scott dan menemukan sehelai rambut hitam di kapal tersebut. Sehelai rambut ini dibawa ke lab forensik dan hasilnya menyatakan bahwa tingkat kecocokannya sama. Bukti ini belum cukup untuk bisa menangkap Scott, pihak kepolisian terus mencari bukti-bukti lain.
Sebulan kemudian, polisi menemukan petunjuk penting pada 13 April 2003. Ketika sedang jalan-jalan di San Fransisco Bay, sepasang suami istri menemukan bayi yang sudah meninggal dan dalam keadaaan mengenaskan. Selain itu, tali pusarnya pun masih menempel. Keesokan harinya polisi juga mendapatkan laporan dari warga sekitar pantai tersebut atas penemuan jasad seorang wanita yang sudah membusuk dan dalam keadaan termutilasi.
Setelah menjalani serangkaian tes forensik, kedua tubuh tersebut adalah benar milik Laci dan juga bayinya yaitu Connor Peterson. Pasca penemuan Laci dan anaknya di tempat biasa Scott memancing, penyelidik pun langsung angkat pantat dan langsung menelusuri keberadaan Scott. Saat itu Scott sedang ada di tempat golf San Diego.
Ada banyak keanehan juga yang terjadi pada saat Scott ditangkap oleh polisi. Yang pertama adalah, rambutnya telah di cat menjadi warna blonde. Selain itu, dalam mobilnya juga sudah diisi senjata, perlengkapan seperti baju, uang $15.000, dan banyak handphone.
Polisi menduga bahwa Scott akan melarikan diri ke Mexico. Tanpa pikir lama, polisi langsung menjatuhkan tuduhan pembunuhan oleh Scott. Ada banyak sekali bukti dan saksi yang memojokkan Scott sebagai tersangka utama dalam kasus ini. Persidangan yang berlangsung cukup panjang dan heboh ini membawa banyak perhatian masyarakat. Akhirnya Scott dijatuhi hukuman mati oleh pengadilan.